En el mes de julio de 1936 Ruperto se encontraba en la localidad de Asteasu pasando una temporada en casa de un familiar. Al iniciarse la sublevación militar, se presentó voluntario para hacer guardias «al sentir el ideal de izquierdas», marchando el 15 de agosto a Azpeitia donde permaneció hasta poco antes de la entrada de las tropas sublevadas. Instalado en Bilbao desde entonces, el 24 de febrero de 1937 se enroló voluntariamente en el batallón de infantería n° 52 (batallón Capitán Casero), interviniendo en varios frentes hasta resultar herido en Bizkargi. Hospitalizado en Bilbao, ante la inminente entrada de las tropas franquistas, fue trasladado al hospital de Valdecilla (Santander), en cuyo centro fue hecho prisionero el 26 de agosto de 1937. En el mes de octubre, el telegrama enviado por la Guardia Civil de Azpeitia a la Comisión Calificadora de Prisioneros de Santander resultó determinante para clasificar a Ruperto en el «apartado D» y abrir en su contra un procedimiento sumarísimo de urgencia. En el citado telegrama, y posteriormente en el oficio enviado al juez instructor, se señalaba que el encausado era un «sujeto peligrosísimo» afiliado a UGT y que había participado en detenciones y saqueos. Asimismo, los informes del ayuntamiento y Falange de Azpeitia incidían en estas supuestas intervenciones «a favor del Frente Popular» en Asteasu. Sin embargo, desde esta localidad los informes emitidos no corroboraban aquellas imputaciones. Falange de Asteasu decía desconocer al individuo, mientras que alcaldía se limitaba a apuntar que «era comunista» pero que «no se tiene constancia de que tomara parte en detenciones». Además de ello, dos testigos azpeitiarras citados por el encartado, Pedro Aguirre Echeverria y Andrés Lapazarán Arguidegui, afirmaron en sus declaraciones que a pesar de ser de ideas de izquierdas no intervino en «propagandas políticas ni en conflictos obreros».
Por todo ello, el consejo de guerra celebrado en Donostia, encontrándose encarcelado en la prisión de Ondarreta y tras haber pasado por las de Los Escolapios y El Carmelo en Bilbao, dictaminó el 27 de abril de 1939 el sobreseimiento provisional de la causa y su clasificación en el «apartado B». En este acuerdo, el tribunal militar apuntaba a que si bien Ruperto era de ideología izquierdista y había participado en la guerra como miliciano voluntario, no se habían corroborado «actos de significada hostilidad contra nuestras Fuerzas ni participar en delitos comunes». El 27 de octubre de 1939 fue trasladado al campo de concentración de San Pedro de Cardeña (Burgos)(*).
Para cuando llegaron el hombre yacía muerto; decía que podría tratarse de un médico.
Hicieron carlistas a todos los inquilinos, también a mi padre, porque de no ser así les expulsarían de casa.