José María fue detenido junto a 6 azpeitiarras más el 2 diciembre de 1936 (Nazario Aizpitarte, Rufino Arritoquieta, José María Corta, Ignacio Corta, Manuel Torrano y José María Zubiaurre), tras abrirse contra ellos una causa sumarísima de urgencia en el tribunal militar de instrucción n° 4 de Donostia. A todos ellos, se les acusaba de un supuesto delito de «rebelión militar». En el caso concreto de José Maria, la sentencia del 8 de marzo de 1937 le acusó de ser simpatizante nacionalista «aunque no formaba parte del partido», y de actuar en favor del Frente Popular con el objetivo de «ganar un jornal con el que proveer a su subsistencia». Asimismo, se alude a su participación en el transporte de sacos de arena desde Zarautz a Azpeitia para construir refugios contra los ataques aéreos, así como en la voladura del puente de Mandubia el 25 de julio de 1936 Por último, se señala que José María, junto a Manuel Torrano, «estuvo revisando salvoconductos de los coches que pasaban por la carretera, yendo armados de escopeta». Por todo ello, fue condenado a 12 años y 1 día de prisión por un delito de «auxilio a la rebelión».(*) El 9 de julio de 1937 fue trasladado al fuerte de San Cristóbal, falleciendo dos meses después, el 8 de septiembre, «por enfermedad». José María tenía 29 años y fue enterrado en Berriozar (Navarra)(*).
Pasaron situaciones difíciles, ya que los hermanos estaban separados en los dos bandos.
Decía que sacaban a los presos a una hora concreta para fusilarlos, y que lo llamaron en más de una ocasión, para que sufriera.