Tras el fallido golpe de estado y el inicio de la Guerra Civil, Marcelino, según su propia declaración ante un juzgado militar, tomó parte en los servicios de guardia armada, en requisas y en algunas detenciones que se llevaron a cabo en Azpeitia por orden del Comité de Defensa. Militante del PNV desde el comienzo del período republicano, una vez producida la retirada de Azpeitia actuó en varios frentes enrolado en el batallón Loyola hasta su captura el 25 de agosto de 1937 en Laredo. En octubre de 1937 fue clasificado en el «apartado C» por la Comisión Clasificadora de Prisioneros de Aranda de Duero tras recibir el informe de la Guardia Civil de Azpeitia, en el que se calificaba al detenido como «peligrosísimo». A comienzos de 1938 fue trasladado a la prisión de Los Escolapios a la espera de ser procesado en consejo de guerra. En el mes de abril llegaron al juzgado militar n° 12 de Bilbao los informes de la jefatura local de Falange y de alcaldía de Azpeitia. Asimismo, fueron enviadas las declaraciones de un total de 14 vecinos de los barrios de Urrestilla y Aratz-Erreka, los cuales habían sido testigos de las requisas de ganado vacuno que desde finales de julio de 1936 habían realizado un grupo de milicianos entre los que se encontraría Marcelino. Posteriormente, el 19 de mayo de 1938, Marcelino ratificó ante el juez instructor la declaración prestada en octubre de 1937, reconociendo su militancia nacionalista, su participación en requisas en los caseríos Zelaieta, Rekalde y en otros tantos de Urrestilla, la detención de dos personas, y por último su actuación en el frente de guerra. Lo único que Marcelino negó fue el haber perseguido o delatado a personas de derechas, en clara alusión a las acusaciones que le relacionaban con la búsqueda e intento de detención de Galo Barrena. Finalmente, el 7 de julio de 1938 fue sentenciado a 12 años y 1 día de prisión por un supuesto delito de «auxilio a la rebelión»(*). Con posterioridad parece ser que fue recluido en el fuerte de San Cristóbal hasta noviembre de 1939(*), si bien, este supuesto no consta en la ficha penitenciaria de Marcelino(*). En 1943 se le concedió la prisión atenuada tras la conmutación de la pena por una de 7 años, encontrándose recluido por aquel entonces en la prisión de San Lorenzo del Escorial (Madrid) a disposición del Director General de Regiones Devastadas. A comienzos de 1944 quedó en libertad vigilada(*).
No se esperaban que un hombre tan católico se hubiera marchado a la guerra.
Me doy cuenta de que en esa época tenían muchísimo miedo, y que no se hablaba sobre esos temas delante de los niños.